Το Τμήμα Ελέγχου με αρμοδιότητα την παρακολούθηση της εφαρμογής της ισχύουσας περί διαμονής αλλοδαπών νομοθεσίας, τη διενέργεια ελέγχων και τη βεβαίωση παραβάσεων για την είσοδο και διαμονή υπηκόων τρίτων χωρών στην ελληνική επικράτεια για τις περιπτώσεις που κατά την κείμενη νομοθεσία η χορήγηση και η ανανέωση της άδειας διαμονής ή του δελτίου διαμονής ανήκει στην αρμοδιότητα του Γενικού Γραμματέα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης.