Η οργάνωση της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Ηπείρου – Δυτικής Μακεδονίας, η οποία έχει ως έδρα τα Ιωάννινα, διαρθρώνεται ως ακολούθως:
α) Γραφείο Γενικού Γραμματέα
β) Γενική Διεύθυνση Εσωτερικής Λειτουργίας
γ) Γενική Διεύθυνση Χωροταξικής και Περιβαλλοντικής Πολιτικής
δ) Γενική Διεύθυνση Δασών και Αγροτικών Υποθέσεων
ε) Διεύθυνση Πολιτικής Προστασίας
στ) Αυτοτελές Τμήμα Π.ΑΜ. – Π.Σ.Ε.Α.
ζ) Αυτοτελές Τμήμα Εκπαίδευσης
η) Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου
ΠΔ 141 (ΦΕΚ Α΄ 234/27.12.2010) Οργανισμός της Α. Δ. Ηπείρου – Δυτικής Μακεδονίας